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新型冠狀病毒COVID-19可迅速人傳人，控制疫情蔓延的其中一個方法，就是快速檢測和隔離。1月14日，WHO就發佈了疑似病例的實驗室檢測指南，以「逆轉錄聚合酵素鏈式反應」（RT-PCR）測試方式。
醫學上為極之凖確的檢測方法。聚合酶連鎖反應（PCR）幾乎檢測病毒最被普遍使用技術。PCR主要是連續擴增某一基因，包括擴增DNA片段 ，被稱為引子（Primer）。
RT-PCR則為PCR改良版，可以利用RNA檢測（冠狀病毒亦只有RNA），RNA鏈被反轉錄成爲互補DNA，作為模板透過PCR進行DNA擴增複製。以新型冠狀病毒為例，只有RNA鏈，更適合作病毒檢測，RT-PCR亦更靈敏，可檢測很低拷貝數量的RNA。
經過RT-PCR擴增片段，科學家開發以實時螢光RT-PCR再經光學系統監測反應中產物量（螢光物質）變化呈現電腦上，稱為qPCR，靈敏度更高，廣泛檢測愛滋病和流感。RT-PCR一般仍要實驗室內檢測，需時約4小時。
武漢放棄RT-PCR
2月12日，據報武漢放棄了RT-PCR，以新方式確認患者後，當日新症大增15000宗。
英國廣播公司（BBC）指，數個國家都傳出RT-PCR出現「假陰性」（False Negative），患者未能第一次檢測發現出來。湖北省只統計有症狀的人，不再以PCR檢測測試結果，作最後確認依據，結果病例暴增。
上周，廣州醫科大學呼吸疾病國家重點實驗室宣佈，中國工程院院士鐘南山指導下，聯合多家研究機構了研發新型冠狀病毒IgM抗體快速檢測試劑盒，並已在實驗室和臨床完成初步評價。
免疫檢測（Immunodiagnostics）通過患者的某些抗體蛋白作測試生物標誌（biological markers），受病毒感染患者的血漿內血清（Serum）會異於不受感染者。本港科學園多家從事免疫檢測，包括從港大醫學院研究團隊成立的ImmunoDiagnostics，甚至可檢測出慢性病。
結合抗體作標記
免疫檢測的原理可檢測中和抗體和結合抗體，中和抗體能夠中和抗原的生化作用，結合抗體則與之結合變成一種有待處理的標誌。免疫檢測以中和抗體試驗專一性頗高，但需以活病毒進行檢測，複製病毒蛋白結構；需在P3級別實驗室進行（香港只有港大才具備P3），危險性也較高。
IgM是一旦受冠狀病毒感染後，最先出現蛋白抗體之一，IgM測試可用來顯示近期感染和發病狀況，數量也較多。隨著患者康復，IgM抗體會消失。
上述免疫檢測以一滴血，以IgM蛋白抗體作標誌， 15分鐘內憑肉眼觀察獲得檢測結果，患者血漿稀釋500至1000倍後，仍能檢測出陽性條帶。劑盒在湖北醫院進行了應用試驗。通過對部分臨床已確診為新型冠狀病毒感染陽性（PCR核酸檢測陰性）患者血樣復檢，檢出相當部分（IgM）陽性，可與核酸的PCR檢測互補。
除了廣州醫科大學，本港上市的麗珠醫藥（上市編號：1513）亦與中國科學院武漢病毒研究所，研製了IgM抗體檢測試劑（膠體金法），已通過體外診斷試劑應急審批答辯，上周進入了快速審批通道，估計日內臨床。
上述生物標誌可用於檢測SARS病毒。麗珠試劑亦利用另一種免疫球蛋白G（IgG）作測試，不過發病較晚期後的患者體內，IgG後才易被偵測，鍾南山只採用了IgM。
但即使完全康復，IgG仍可長期存於血清內。2009年，港大就以IgG檢測與SARS病人有緊密接觸的市民，以SARS的較低傳染性（R0=2.7）發現只有極少病者（0.19%）曾受傳染，卻不出現病癥。
新型冠狀病毒COVID-19的R0遠高於SARS，加上癥狀輕微，未來有關IgG血清測試，為本港帶來更多傳染啟示。
廣州醫科大學報導，可能間接證明了PCR檢測，出現假陰性檢測傳言。也就是說，已受感染患者無法完全以PCR檢測出來。
PCR備受質疑
BBC指有國內記者揭露的狀況；患者六次測試呈陰性後，第七次測試時終於確診。
據本港生物科技初創Biomed首席科技總監周軍衛博士解釋，鐘南山通過檢測受試者血液內，是否出現抗新型冠狀病毒抗體IgM，判斷受試者是否已感染新型冠狀病毒。上述方法不需複製病毒蛋白結構；比較一般免疫檢測開發試劑簡單，不過必須驗血（PCR可只從喉嚨取樣本）。
IgM可達至快速檢測和陽性檢出率。周軍衛表示：「靈敏度是否比RT-PCR為高，則不敢下結論（因沒有數據）。有一點可肯定：IgM檢測更加簡單高效，能有效突破現有檢測技術對人員、場所限制，縮短檢測用時，實現疑似患者的快速診斷和密切接觸人群的現場篩查，推動了診斷篩查的前移。」
BioMed亦以RT-PCR和NGS等方法檢測腸道細菌，RT-PCR被公認為業內最標凖檢測方法。
何以一向穩定的PCR檢測出現假陰性？BBC報導指各國醫生有不同推測；包括取樣時測試操作，亦可能存在問題，集採步驟也有影響。新冠病毒可能深入肺部，從喉部蘸到的樣本，根本找不到病毒；除了病人已經有咳嗽徵狀，病毒才從喉嚨後部採集的樣本偵察出來。
另外，檢測時必須採集一段基因的引子，也就是一小段單鏈病毒RNA，作爲反轉錄後擴增起始點，上述引子以病毒基因一個公認不經常變異區段。如果引子發生變異快速，RT-PCR放大片段對比不一致，也被錯判為陰性。
目前，中國開發的多種試劑，包括華大基因、碩世生物、德國QIAGEN、上海輝睿、上海捷諾、上海泊傑等醫療科技，香港科技大學和澳門大學開發測試，均以RT-PCR為基礎。較早前，新羿生物則與清華大學開發定量檢測試劑盒（數字PCR法），基礎也是RT-PCR。
核酸PCR測試方法受質疑，假陰性原因莫衷一是，已意味須開發其他檢測方法互補，否則無法控制疫情。鍾南山開發護理點檢測，有效補充RT-PCR的不足，免疫檢測。